Por aquel entonces, el rey hicso que gobernaba el Delta era Khamudy (sucesor de Apopi) y el objetivo fundamental de Ahmosis era la ciudad de Avaris. Antes de atacarla, el faraón se dirigió contra las ciudades de Menfis, primero, y de Heliópolis, después.
La toma de estas ciudades le permitió llegar con mayor facilidad a la localidad de Tjaru, que se encontraba muy cerca de Avaris. Al ser ésta una ciudad que tenia un puerto fluvial, fué atacada tanto por tierra como por el río. La ciudad fué conquistada, al fin, y saqueada, como era costumbre.
Ahmosis relata de esta forma los acontecimientos:
"...Se puso el sitio delante de la ciudad de Avaris; tuve la ocasión de probar mi valentia, en tierra, en presencia de su Majestad. Yo fuí enseguida promovido al navío, "El que brilla en Menfis"; se combatió entonces en el agua, en el canal Pa-djed-ku de Avaris. Conseguí botín, y traje una mano; el hecho se comunicó al heraldo real, y se me dió el oro del valor. Después comenzamos a combatir en ese mismo lugar y conseguí otra vez algún botín: traje una mano, y se me concedió de nuevo el oro del valor, [...] Después se tomó Avaris; traje cautivos: un hombre, tres mujeres, total: cuatro cabezas; Su Majestad me los concedió como servidores..."
Poco después se dirigió sin vacilar a la ciudad asiática de Sharuren, aliada de Avaris, posiblemente porque fué aquí donde la mayoria de los hicsos se refugiaron. Esta ciudad estuvo sitiada durante tres largos años, según el relato del almirante.
Pero las miras también se dirigieron hacia el Sur, hacia Nubia, posiblemente más allá de la segunda catarata, en un enclave que Ahmosis, hijo de Abana, llama Khent-hen-nefer:
"Después que Su Majestad masacró a los beduinos de Asia, descendió del rio, hacia Khent-hen-nefer, para destruir a los nubios."
Fué importante dar un golpe de fuerza en territorio nubio, debido al poder que habia adquirido el reino de Kush durante el Segundo Período Intermedio. Esto le dejó via libre para empezar a explotar económicamente toda la zona.
Egipto, de esta manera, estaba de nuevo unificado, aunque el faraón hubo que repeler dos rebeliones, la primera de un nubio, llamado Aata, que fué prontamente derrotado, y la segunda fué promovida por Tetian que, al parecer, convocó a su lado a todos aquellos que estaban contra los egipcios.
El faraón lo mató y aniquiló a todos sus seguidores.
Con todo el territorio en manos egipcias se pudo volver a explotar el Valle del Nilo en su totalidad.