Con el reinado de los siguientes faraones se da fin al Cisma Amarniense y se completa la Dinastía XVIII.
Nefertiti. Algunas hipótesis sustentan que tras la muerte de su marido en el año 1362 a. C., Nefertiti continuó fiel al culto de Atón, en medio de la reacción conservadora que, en poco tiempo, condujo a la restauración de la religión tradicional y del poder de la casta de los sacerdotes de Amón.
Semenejkara. Parece ser también que la desaparición de Nefertiti coincide con un cúmulo de hechos que sacudieron a la familia real entera:
La desaparición de la otra esposa de Akhenatón, Kiya,
El ascenso de la princesa Meritatón a gran esposa real y
La aparición de la fantasmal figura de Semenejkara (el nuevo corregente del faraón).
Muchos han querido ver en todo esto el último ascenso de Nefertiti en el poder, pasando de reina-faraón a un faraón masculino. Se suprimiría la posible competencia de Kiya (quien caería en desgracia por causas desconocidas) y dado que todo rey necesita una gran esposa real, ¿quién mejor que Meritatón para sustituir a su madre, ahora rey?
Meritatón. Nació en Tebas, la mayor de las hijas de Akenaton y Nefertiti, y fue criada en Aketaton. Aproximádamente en el año 12, se casó con su padre, ya que, presumiblemente, éste quería lograr la pureza de sangre casándose y teniendo descendencia con algunas de sus hijas.
Merit Aton siguió ostentando el título de Gran Esposa Real, durante la corregencia de Nefernefruaten, supuestamente Nefertiti en los últimos años de vida de Akenaton.
Cuando Nefertiti desapareció de la vida política y social, Merit-Aton la sucedió. (1.338-1.336 a.C.)
Durante varios años es corregente con Semenejkara, su supuesto marido, aunque, según algunos historiadores Semenejkara fuera la misma Nefertiti.
Más tarde, Merit-Aton fue coronada rey, por derecho de sangre, con el nombre de Anket-keperu-Ra Merit-Aton.
Murió en Amarna, el lugar de su enterramiento se desconoce, aunque se especula con que su momia puede ser la que apareció en la tumba kv55, en un sarcófago que, en un principio, se creyó de Kiya.
Tutankhamón. El breve reinado de Semenejkara en solitario, fue pronto sucedido por Tutanjatón, más conocido bajo el nombre de Tutankamon, quizás el hijo de Akhenatón y la desdichada Kiya. Se casó con la tercera hija de Nefertiti, Anjesenpaatón. La real pareja debía ser relativamente joven. Algunas teorías sostienen que Nefertiti, que aún vivía, aunque ya privada de la corona, habría influido sobre ellos. Si la teoría fuera cierta, esta influencia, y probablemente su propia vida, acabó en el tercer año del reinado del faraón Tutankhamón, en 1331 a. C. Ese año fue en el que el faraón renegó del culto “monoteísta” de su padre y manifestándose como partidario del culto de Amón. A la vez, la familia real dejó la ciudad de Amarna y restituyó la capital en Tebas.
Ay. Un auténtico animal político que había sido capaz de sobrevivir a cuatro reinados diferentes siempre en la cima, hasta que consiguió ser coronado faraón ya en su vejez. Al parecer Ay era el padre de la reina Nefertiti, pero pese a estar emparentado con los llamados "herejes de Amarna" salió airoso de cualquier conjura y antes de ser coronado era ya el visir del rey-niño Tutankhamón, una marioneta suya.
Al subir al trono Ay había pactado con su principal rival, el general Horemheb, que a su muerte él le sucedería, por lo que para ello debería casarse con Mutnedymet. Es de suponer que a esas alturas la mujer ya debía de haber alcanzado, al menos, la treintena, por lo que también su descendencia se veía complicada dada la época.
Horemheb y Mutnedymet (Hermana de Nefertiti) . Atado y bien atado el asunto de la sucesión, no hubo ningún problema cuando Horemheb fue faraón y se casó con Mutnedymet, ascendida al rango de Gran Esposa Real. Mas el nuevo rey ya nada tenía que ver con la ancestral dinastía XVIII, y gobernó con mano de hierro el país, borrando de él toda huella de sus inmediatos antecesores, los protagonistas del "Cisma de Amarna".
Horemheb y el clero. Horemheb, devoto de Horus, restableció la alianza de la oligarquía y el ejército con los sacerdotes de Amón, posibles aliados en su ascenso al trono, devolviéndoles algunos privilegios, y comenzándose a planificar la destrucción de Ajetatón, la capital erigida por Ajenatón, misión que realizarán faraones posteriores.
A su muerte, tras 28 años de reinado, le sucedió Ramsés I, general de confianza, con quien dará comienzo la dinastía XIX.